Tras la conquista catalana de 1235, Jaime I el Conquistador otorgó a la ciudad de Eivissa una Carta de Franquicias en la que se recogen los fueros y privilegios de los habitantes de las Pitiüses. Uno de los privilegios más importantes fue la concesión de un sistema de organización municipal, una institución de gobierno local que recibió el nombre de Universitat d'Eivissa i Formentera. El año 1299 se reguló su organización.

De esta forma, las islas de Eivissa y Formentera se organizan como un municipio único con capital en la villa de Eivissa. La Universitat, como órgano de autogobierno, podía tomar decisiones en la mayoría de los ámbitos y se organizaba en diferentes estamentos o manos: la mano mayor (formada por caballeros nobles y la clase alta de la sociedad), la mano mediana (integrada por marineros, mercaderes y artesanos) y la mano foránea (formada por la gente del campo, la payesía). A partir de 1454 se otorga un régimen de elecciones de los cargos (tanto para los jurados como para los oficiales) denominado de sach i sort (saco y suerte) y que consistía en depositar en un saco los nombres de aquellos que optaban a algunos de los cargos. Un niño de menos de 7 años era el encargado de extraer los nombres de quienes debían fungir como jurados u oficiales durante un periodo de tiempo determinado.

En 1715, el Decreto de Nueva Planta dictado por el rey Felipe V deroga la Universitat, que fue sustituida por el Ayuntamiento, aunque el cambio de estructura de esta institución no fue definitivo hasta el 1 de enero de 1724, en cumplimiento de un decreto de 1723. A partir de este momento, los jurados pasan a denominarse regidors y a ser nombrados por la Real Audiencia de Mallorca a propuesta del gobernador de Eivissa. La Universitat pasaba a llamarse Ayuntamiento.

En 1782, el monarca Carlos III concede a la villa de Eivissa el título de Ciudad, indispensable para poder tener un Obispado propio. Aquel mismo año, el Papa Pío VI autoriza la creación del Obispado de Eivissa.

La Casa de la Universitat estaba situada en la plaza de la Catedral, en cuyas dependencias residían los poderes de la ciudad. Hoy día, en este edificio se encuentra el Museo Antropológico. Con el enclaustramiento en 1835 de los frailes dominicos del Convento, el edificio queda vacío para comenzar a albergar diversas instituciones, entre ellas el Ayuntamiento de Eivissa, que se trasladó en 1838. Poco después otras dependencias del antiguo convento (construido durante los siglos XVI y XVII) fueron ocupadas por el hospital municipal, la prisión y el Colegio de Segunda Enseñanza. En la actualidad, el Ayuntamiento de la ciudad de Eivissa ocupa la totalidad de la parte civil del edificio del Convento.
Si bien hasta el primer tercio del siglo XIX el Ayuntamiento de Eivissa es la institución de gobierno local de las dos Islas Pitiüses, a partir de 1837 queda establecida definitivamente la estructura de municipios que se mantiene hasta la actualidad con la creación de 5 municipios más. Esta estructura de organización varió en 1870, cuando el Ayuntamiento de Formentera se agrega al de Eivissa, una situación que dura hasta 1888. La carencia de beneficios tanto políticos como económicos ocasiona que la población de Formentera vuelva a reclamar la segregación de Eivissa para formar su propio Ayuntamiento independiente.

El municipio de Eivissa, con una superficie inferior a los 11 kilómetros cuadrados, es el más pequeño de las Pitiüses y el segundo más pequeño de Baleares.