La capilla del Salvador, construida por la cofradía de los marineros, estaba dedicada a la Transfiguración del Señor. La primera vez que aparecen referencias documentales de esta capilla es en el año 1364. Desde entonces, se cita en diversas ocasiones, sobretodo a raíz de las visitas eclesiásticas realizadas durante los siglos XIV a XVIII.

Se trata de un pequeño edificio de estilo gótico que posiblemente fue edificado durante la primera mitad del siglo XIV. Es de nave única cubierta con vuelta ogival de tres tramos. En la fachada oeste conserva un rosetón que da al Mirador. La puerta, que hoy sirve de acceso al Museo Arqueológico, estaba situada delante del cementerio, que hasta el siglo XVII ocupó la actual plaza de la Catedral.

La capilla se vendió, en 1702, a la Universidad por 2500 libras. La imagen del Santo fue trasladada por las cofradías a la iglesia del puerto, que fue ampliada y mejorada con el dinero de la venta.

El año 1907 se reformó el edificio y se instaló el Museo Arqueológico. Durante las obras se halló una cripta en el subsuelo de la capilla, de donde se extrajeron numerosos restos humanos y figuras religiosas, entre las cuales destacan dos tallas de madera policromadas del Jesús crucificado y una imagen de Santa Lucia de piedra. Entre otros objetos, cabe destacar el hallazgo de un códice, pergaminos y manuscritos de los siglos XV y XVI, mencionados en la “Guía de Ibiza”, editada en 1917 por Arturo Pérez Cabrero.