La ciutat antiga es va desenvolupar a partir del primer assentament fenici ubicat al puig de Vila. Segons els textos clàssics, Aiboshim, la ciutat de Bes, fou fundada, l'any 654 aC.
El nucli urbà es componia d'una acròpolis i una zona portuària a la vora de la badia; també comptava amb temples i zones artesanals amb importants terrisseries. Es calcula que al segle V aC. la ciutat tenia entre 3000 i 4000 habitants. Durant tota l'època púnica va ser un centre comercial de gran vitalitat, que exportava productes manufacturats a diferents llocs del Mediterrani.
Després de la destrucció de Cartago, l’any 146 aC, la ciutat mantingué la seua autonomia política i comercial i va continuar, fins i tot amb major intensitat, l’activitat comercial i industrial com a ciutat federada de Roma. Aquesta etapa va finalitzar quan Vespasià la convertí en municipi romà (Municipius Flavius Ebusus) l’any 70 dC. Comença aleshores un període de decadència que es mantengué, gairebé, tota la fase imperial romana fins a l’arribada dels vàndals - l'any 424 dC.- i bizantins -el 535 dC.- això no obstant, durant els últims segles de l'antiguitat, es detecta una lleugera recuperació de l’activitat econòmica a l'illa, sobretot al camp.
Els segles VII-IX són els més desconeguts de la història de la ciutat, sembla fins i tot que no existia, o que la seua activitat era quasi imperceptible. El segle X, Madina Yabisah formava part dels territoris d'al-Andalus. L'etapa de dominació àrab va deixar profundes empremtes a la ciutat i a tota l'illa. A ells s’atribueix la implantació de nous sistemes de rec que van desenvolupar en molts indrets i la creació de camps irrigats als aiguamolls, origen de les actuals feixes del Pla de Vila. Els àrabs crearen un triple recinte, del qual existeix una interessant descripció al poema èpic que relata l'atac pisano-català a Eivissa i Mallorca, l'any 1114-5.
Sota l'empremta de Jaume I, els catalans van incorporar l'illa a la cultura occidental. L' acció militar fou encomanada a Guillem de Montgrí que s'associà amb el Comte de Rosselló i Pere de Portugal per dur a terme la conquista de l'illa, que, finalment, es produí el mes d'agost de 1235. S’implantà el cristianisme i es creà l'església de Santa Maria, al lloc que avui ocupa la Catedral. L'illa i la ciutat es dividiren, els seus territoris es van repartir entre els conqueridors i s’instaurà un sistema feudal que no va beneficiar gens l'illa. El 1299 el rei d'Aragó Jaume II creà la Universitat, un sistema d'autogovern que es va mantenir fins al 1717.
La ciutat cristiana es va anar transformant i adequant a les necessitats de la nova societat. La disposició tripartita de la madina islàmica fou desapareixent gradualment, al temps que els llenços intermedis de la muralla quedaren integrats dins les noves edificacions que s’anaven construint. Però, el record dels tres recintes àrabs es va conservar durant segles en la denominació de les diferents parts de la ciutat: Vila de Dalt, Vila d’Enmig i Vila d’Avall.
El 1354, com a conseqüència del conflicte bèl·lic entre el rei d'Aragó i el de Castella, la ciutat patí l’atac de Pere el Cruel, rei de Castella, que produí greus danys a les muralles a més de saquejar l'entorn urbà del Pla de Vila. En aquesta època la ciutat encara estava protegida per la fortificació d'origen àrab, que hagué de reforçar-se després del conflicte.
A l’edat mitjana sorgiren nous edificis tant de caràcter civil com religiós. A la part més alta de la ciutat es construí la seu de la Universitat i devora ella la capella del salvador i la Cúria. Quant a l'església de Santa Maria s’amplià amb la construcció de l'absis gòtic i la torre del campanar. Totes aquestes edificacions es disposaren al voltant del cementeri, que fins al segle XVII va estar a l’actual plaça de la Catedral. El recinte del Castell-Almudaina fou adaptat a les noves necessitats militars i polítiques, i fou la residència habitual dels representants feudals i governadors.
El segle XV fou una època de bonança, que a l'àmbit de la ciutat es plasmà en l'aparició de noves cases i altres construccions amb elements decoratius renaixentistes; l'església de Santa Maria tornà ampliar-se amb la construcció de noves capelles a la nau. A les darreries d’aquest segle i sobretot durant el s. XVI, la ciutat i l'illa van patir continus atacs de l'armada turca, que posaren en evidència la debilitat de les velles muralles medievals que s’hagueren de substituir pel recinte abaluartat renaixentista, que encara es conserva.
Els segles XVII i XVIII , la ciutat va anar creixent fora de les muralles i es formà un raval a la Marina, on vivien mariners i d’altres persones relacionades amb l’activitat portuària. Aquest barri es va protegir amb la construcció de s'Estacada. La rellevància comercial del barri va arribar a superar la de la ciutat amurallada, a pesar que el creixement es va limitar per les exigències militars que intentaven de reduir la seua expansió.
Eivissa es convertí en seu Episcopal el 1782, i a l’any següent va prendre possessió del seu càrrec el primer bisbe: Manuel Abad i la Sierra. Amb ell arribaren a l’illa els nous criteris de la il·lustració que van contribuir a la modernització de les estructures socials, a la millora dels serveis existents i a la creació de nous. El creixement urbà continuà al llarg del segle XIX, a finals del qual es construïren sa Peixateria i el Mercat Vell, a prop de l'entrada a Dalt Vila. El barri de la Marina tornà a créixer amb la construcció d’un nou eixample: es Poble Nou, que comportà la demolició de la primera estacada i la construcció d’una altra paral·lela, al llarg de l’actual carrer del Comte Rosselló.
A finals del XIX es produïren tres fets importants per a la ciutat: la demolició de la segona estacada, que permeté el creixement urbà a la zona de Vara de Rey; la construcció de noves carreteres i l’execució de les obres del port, que afavoriren l’augment de les comunicacions marítimes amb la península i Mallorca que incidiren molt positivament en la vida urbana i rural de l’illa.
