La capella del Salvador, construïda per la confraria dels mariners, estava dedicada a la Transfiguració del Senyor. La primera vegada que s’esmenta és en un document de l’any 1364, des de llavors es cita en diverses ocasions sobretot arrel de les visites eclesiàstiques realitzades durant los segles XIV a XVIII.

Es tracta de un petit edifici d’estil gòtic possiblement edificat durant la primera meitat del segle XIV. És de  nau única coberta amb volta ogival de tres trams. A la façana oest conserva un rosetó que dóna al Mirador. La porta, que avui serveix d’accés al Museu Arqueològic, estava situada davant el cementiri, que fins al segle XVII va ocupar la actual plaça de la catedral.

La capella es va vendre, el 1702, a la Universitat per 2500 lliures, darrera la unió de les confraries del Salvador i Sant Elm, traslladant la imatge del sant a la església  de port,  que fou ampliada i millorada amb els diners de la venda.
  
L’any 1907 es va reformar l’edifici i es va instal·lar el Museu Arqueològic. Durant les obres es va trobar una cripta al subsòl de la capella, d’on es van extreure nombrosos restes humans i figures religioses  entres els quals destaquen dos talles de fusta policromades del Jesús crucificat i una imatge de Santa Llúcia de pedra. Entre altres objectes cal destacar  la troballa d’un còdex, pergamins i manuscrits dels segles XV i XVI, esmentats a la “Guia de Ibiza”  editada en 1917 per Arturo Pérez Cabrero.