La Universitat com a institució de govern local fou creada per concessió del rei Jaume II de Mallorca. Apareix ja com a òrgan definit i permanent el 1299; estava format per tres jurats, nomenats  pels representants dels conqueridors, que a la vegada elegien deu consellers.
 
La seu de la institució estigué en un edifici proper a l’església, de planta rectangular, cobert amb un cassetonat d’estil mudèjar, amb motius decoratius pintats entre els quals figuren els escuts policromats d’Eivissa i de la Corona d’Aragó.

 L’edifici es va construir avançant-se a  la murada islàmica i, probablement, fou aixecat al mateix temps o poc després que l’absis gòtic de la Catedral. A la façana de llevant conserva un finestral gòtic, que sembla es construí durant unes reformes, esmentades als llibres de comptes  de la Universitat, efectuades a finals del segle XV.

A principis del segle XVIII la seu fou ampliada annexionant l’edifici del costat: la Capella del Salvador. Posteriorment s'obrí una porta de comunicació interior sobre la qual es conserva  la data de 1708 gravada a la llinda recordant la unió dels dos edificis.

Aquest lloc va servir de seu a la Universitat fins al 1728, any en què és dissoltó a favor de l’Ajuntament creat arrel del “Decret de Nova Planta”. Va continuar utilitzant-se com a casa Consistorial fins al 1838 en què aquesta fou traslladada al Convent dels Dominics.

La sala de la Universitat i la capella del Salvador, avui dia, formen part del Museu Arqueològic d’Eivissa. Durant les reformes de les instal·lacions, fou excavat el subsòl de la sala, on s’ha trobat el parament exterior de la muralla islàmica i altres estructures arquitectòniques adossades a aquesta.